Au XVI° siècle, l'Empereur germanique Charles Quint constata que les lois de Burgos étaient peu ou prou appliquées dans le nouveau monde. Ce dernier promulgua alors les Leyes nuevas ("lois nouvelles" en français) en 1542, abolissant les encomiendas. Toutefois, cette réforme provoqua une importante révolte des encomenderos dans le nouveau monde, et les Leyes nuevas furent finalement abrogées[1].

Charles Quint, par Peter Paul RUBENS, vers 1603, Deutsches historisches museum, Berlin.

D'autres exactions furent menées par les conquistadors[2], qui, luttant contre les peuples du continent sud-américain, démontrèrent leur manque de scrupules et leur soif inextinguible d'or.

Les plus connus de ces combattants sont Hernan Cortes, qui s'empara en 1521 de Tenochtitlan[3], capitale de l'Empire aztèque, faisant tuer l'Empereur Cuauhtémoc ; ainsi que Francisco Pizarro, qui fit la conquête de l'Empire inca en 1533, faisant tuer l'Empereur Atahualpa.

Ces conflits furent d'autant plus violents que les conquistadors furent horrifiés par les sacrifices humains perpétrés par les indigènes (à noter que ces pratiques, exceptionnelles chez les Incas, étaient au contraire fréquentes chez les Aztèques[4]).

Les exactions des conquistadors, cumulées à l'asservissement des Amérindiens, auraient causé douze millions de morts selon Bartholomé de Las Casas, un dominicain[5] espagnol (ce dernier, hostile aux encomiendas, fut à l'origine des Leyes nuevas, promulguées par Charles Quint).

Il convient cependant de préciser que les historiens manquent de sources concernant la démographie de cette époque. Ainsi, il est aussi difficile d'estimer le nombre d'habitants en Amérique du sud avant l'arrivée des colons que de connaitre le nombre exact des pertes humaines causées par la guerre.

Selon les estimations les plus vraisemblables, le continent sud-américain aurait abrité près de 50 millions d'habitants au début du XVI° siècle : 5 millions en Amérique centrale, 18 millions dans l'Empire aztèque, 12 millions dans l'Empire inca, 4 millions au Brésil, et 5 millions dans les Caraïbes.

Toutefois, l'on estime que plus de la moitié de la population amérindienne disparut en l'espace d'un siècle, le taux de perte atteignant 90% dans certaines régions. Ainsi, selon certaines sources, l'Empire aztèque comptait 18 millions d'habitants en 1492, pour six millions en 1543, et un million en 1600.

Ces chiffres seraient-ils le résultat d'un génocide perpétré par les Espagnols ?

En réalité, la grande majorité des Amérindiens furent victimes d'un choc microbien.

Les colons espagnols, lors de leur arrivée sur le nouveau monde, n'apportaient pas avec eux que leurs fusils et leurs chevaux, mais aussi de nombreux microbes inconnus des populations autochtones : choléra, grippe, rougeole, tuberculose, variole, etc. Si les Européens souffraient de ces virus, ils disposaient néanmoins d'anticorps dont n'étaient pas équipés les populations amérindiennes. 

Les conquistadors profitèrent grandement de ce choc microbien, profitant de l'affaiblissement des populations indigènes pour accroitre leur autorité sur le continent sud-américain.

Certains historiens avancent même l'hypothèse que certaines tribus amérindiennes disparurent en raison de ces épidémies, avant même l'arrivée des colons européens (comme ce fut le cas dans la région du Mississipi).

Mais à contrario, les Européens furent eux aussi victimes de maladies, spécifiquement américaines, telles que le vomito negro[6], le pian (une maladie de la peau), et peut être la syphilis.

Au final, si l'on ne peut nier que les Européens commirent d'importantes exactions sur le continent américain, l'hécatombe démographique des Amérindiens fut causée non par la violence, mais par la prolifération des microbes occidentaux.

A noter enfin que ce dépeuplement de l'Amérique du sud entraina les Européens à faire appel à une nouvelle main d'œuvre, déportant plusieurs centaines de milliers d'esclaves noirs en direction du nouveau monde.

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