Par ailleurs, les colons espagnols profitèrent du choc microbien, qui dépeupla de nouveau monde de la moitié de sa population en l'espace d'un siècle. C'est ainsi que les conquistadors[1] purent s'emparer facilement des deux grands royaumes du continent sud-américain, à savoir l'Empire aztèque (1521) et l'Empire inca (1533). A noter que les Européens souffraient des virus qu'ils apportaient avec eux, mais qu'ils disposaient néanmoins d'anticorps dont n'étaient pas équipés les populations amérindiennes. 

Au fil des années, les mauvais traitements réservés aux populations indigènes firent l'objets de débats. Bartholomé de Las Casas, un dominicain[2] espagnol, prit la défense des Amérindiens, dénonçant le système de l'encomienda.

Ce dernier, recevant l'aval de Charles Quint, Empereur germanique, rédigea les Leyes nuevas ("lois nouvelles" en français) en 1542, abolissant les encomiendas. Toutefois, cette réforme provoqua une importante révolte des encomenderos dans le nouveau monde, et les Leyes nuevas furent finalement abrogées.

Les Leyes nuevas furent aussi critiquées par le philosophe Juan Gines de Sepulveda[3], qui rédigea en 1544 un ouvrage intitulé Des causes d'une juste guerre contre les Indiens[4], démontrant que la colonisation menée par les Espagnols était juste, les Amérindiens étant destinés par nature à l'esclavage.

Bartholomé de Las Casas, quant à lui, répliqua en rédigeant Trente proposition juridiques en 1547, se prononçant contre l'esclavage et dénonçant les guerres du nouveau monde comme injuste.

En raison de ces querelles théologiques, Charles Quint, souhaitant savoir si la colonisation était compatible avec la foi catholique, décida de convoquer une grande assemblée à Valladolid, en 1550. Y participèrent des théologiens, des juristes, des membres du conseil des Indes[5], des inquisiteurs, etc. Mais la controverse de Valladolid opposa avant tout Bartholomé de Las Casas et Juan de Sepulveda, détenteurs de deux idéologies radicalement différentes.

Las Casas, hostile à l'exploitation des Amérindiens, s'appuya sur les écrits de saint Thomas d'Aquin[6], selon lesquels toutes les sociétés humaines étaient égales (y compris les sociétés païennes), et que la conversion devait se faire non par la force mais de façon pacifique.

Sepulveda, quant à lui, s'appuya sur les pratiques des Amérindiens (sacrifices humains, cannibalisme, inceste, etc.) pour démontrer que les populations du nouveau monde, encore primitives, devaient être placées sous la tutelle des colons espagnols[7].

A l'issue de la controverse de Valladolid, les deux principaux acteurs se proclamèrent vainqueurs, même si aucun des deux camps ne remporta véritablement la victoire.

Ainsi, la conquête du continent sud-américain se poursuivit, bien que connaissant un certain ralentissement (après la chute des royaumes incas et aztèques, il ne restait à conquérir que des zones désertiques présentant peu d'intérêts pour la couronne d'Espagne) ; en outre, le système de l'encomienda ne fut pas supprimé.

Toutefois, si l'on ne peut nier que les colons espagnols commirent d'importantes exactions dans le nouveau monde, le sort des Amérindiens d'Amérique du sud fut malgré tout plus enviable que celui de leurs homologues du nord.

Ainsi, les Espagnols ouvrirent des université enseignant les langues nahualt (pour les Aztèques) et quechua (pour les Incas) ; les divinités précolombiennes firent l'objet d'un syncrétisme avec la religion catholique ; enfin, de nombreux Amérindiens convertis se prononcèrent en faveur de la colonisation, introduisant un important métissage en Amérique du sud[8]. 

L'on peut donc se demander d'où vient l'idée selon laquelle la conférence de Valladolid aurait disserté sur l'existence de l'âme des Amérindiens, sachant que cette question avait été réglée par le pape Paul III dès 1537 (ce dernier avait promulgué les bulles Veritas ipsa et Sublimus Deus, interdisant l'esclavage des Amérindiens, affirmant leur droit à la liberté et à la propriété). A noter par ailleurs que les Espagnols n'auraient pas envoyé d'évangélisateurs dans le nouveau monde dès la fin du XV° siècle si les populations du nouveau monde étaient considérées comme des créatures sans âme.

En réalité, cette idée reçue provient d'un roman de Jean Claude Carrière, intitulé La controverse de Valladolid, publié en 1992 (puis adapté la même année en téléfilm).

L'ouvrage présente l'affrontement de  Las Casas et de Sepulveda sous un nouvel angle, le débat portant cette fois-ci non sur le bien-fondé de la colonisation, mais sur l'existence de l'âme des Amérindiens. A l'issue du débat, Las Casas semble l'emporter, mais, comme les indigènes du nouveau monde ne peuvent plus être réduits en esclavage, l'Eglise décide donc de légaliser la déportation d'esclaves noir vers le continent sud-américain[9].

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